Пофантазируем немного …
Понятно что без ссылок интернета бы небыло, с другой стороны сейчас яндекс борется с продажными ссылками.
Что вообще считать естественными ссылками? Какой критерий?
вариант 1: Ссылки, которые поставил пользователь, а не владелец сайта. Но я обменялся с блогером, он пользователь или владелец сайта?
вариант 2: Ссылки, которые владелец сайта не просил ставить. А когда я пишу на своём сайте - “Если вам понравился мой сайт, то можете поставить на него ссылку, код такой-то” - это я просил или нет?
вариант 3: Ссылки, возникшие без участия владельца сайта. Но ВСЕ ссылки возникают с его участием. Написал интересную статью - участвовал, выиграл премию рунета (получил пачку ссылок) - участвовал, поставил счётчик - участвовал.
Давайте подумаем как яндекс может их отлавливать ?
1. По стуку
Продажная площадка или в бан или под непот (будем считать он существует)
2. Алгоритмически
К примеру кол-во внешних ссылок, с учетом кол-ва страниц на которых они расположены т.е. после преодоление какого то порога. Тогда встает вопрос почему в индексе находятся каталоги и прочий мусор ? вес ссылки с них стремиться к нулю ? похо же да …
3. По поведению пользователей
Есть такой сервис у яндекса Находки, так вот если Вы залогинились в яндексе, то всё где вы ходите записывается, куда кликаете, куда переходите и сколько времени находитесь. Как вариант эта статистика может учитываться т.е. если по ссылке переходят то она получает бонус… если заходов нет значит ничего не получает … как то так 
4. Анкор лист
Т.е. берется анкор лист и смотриться на естественность, если идут одни ключи без разбавления урлом и прочими другими вещами то такие площадки получают занижающий коэффициент, потом смотряться другие анкор листы, и если есть пересечения по этим площадкам - то площадка уходит в статус продающей ссылки и вес передается нулевой ..
Если есть какие то еще соображения пишите …
пысы Дополню вот появились умные презервативы - главное чтобы яндекс что нибудь такое не выпустил, а то кабздец и ночью сможет контролировать умы масс …
Тут делают деньги
хм.. тут врятли можно что-то одно выделить. Конечно - множество факторов.
4 - анкор лист, да ИМХО, это есть, но и в топе есть ресурсы которые чисто на “ключах” без всякого урла и т.п.
3 - маловероятно
ну как-то глупо было бы, т.к. аудитория залогинившихся ничтожно мала в общей массе 
1-2 тоже да.
Какие естественные ссылки? ну помимо урлов я еще часто (в меру часто
) добавляю анкоры “здесь” “тут”, которые могут быть естественными, на уровне с урлом на главную или внутренние страницы, а также наличие ссылок на конкретные картинки находящиеся на сайте. Все это в своей массе может, ИМХО, напоминать естественные ссылки.